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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  58 lines
  1. **********************************************************
  2. * Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II signatures *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. Aminoacyl-tRNA  synthetases (EC 6.1.1.-) [1] are  a  group  of  enzymes  which
  6. activate amino acids and transfer them to specific tRNA molecules as the first
  7. step in protein biosynthesis. In  prokaryotic organisms  there  are  at  least
  8. twenty different types  of aminoacyl-tRNA synthetases,  one for each different
  9. amino acid. In eukaryotes  there are  generally two aminoacyl-tRNA synthetases
  10. for  each  different amino  acid: one cytosolic form and a mitochondrial form.
  11. While all these  enzymes have  a  common  function, they are widely diverse in
  12. terms of subunit size and of quaternary structure.
  13.  
  14. The synthetases  specific  for  alanine,  asparagine,  aspartic acid, glycine,
  15. histidine, lysine, phenylalanine,  proline, serine, and threonine are referred
  16. to as class-II synthetases [2 to 6] and probably have a common folding pattern
  17. in their  catalytic  domain   for  the binding  of ATP and amino acid which is
  18. different to the Rossmann fold observed for the class I synthetases [7].
  19.  
  20. Class-II tRNA synthetases do not share a high degree of similarity, however at
  21. least three conserved regions are present [2,5,8].   We have derived signature
  22. patterns from two of these regions.
  23.  
  24. -Consensus pattern: [FYH]-R-x-[DE]-x(4,12)-[RH]-x(3)-F-x(3)-[DE]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  26.  of class-II tRNA  synthetases  with  the  exception  of  those  specific  for
  27.  glycine and alanine as well as bacterial histidine.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 22.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [GSTALVF]-{DENQHRKP}-[GSTA]-[LIVMF]-[DE]-R-[LIVMF]-x-
  31.                     [LIVMSTAG]-[LIVMFY]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  33.  of class-II tRNA synthetases with the exception of those specific for  serine
  34.  and proline.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 82.
  36.  
  37. -Expert(s) to contact by email: Leberman R.
  38.                                 leberman@frembl51.bitnet
  39.  
  40. -Last update: June 1994 / Text revised.
  41.  
  42. [ 1] Schimmel P.
  43.      Annu. Rev. Biochem. 56:125-158(1987).
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  49.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:8121-8125(1991).
  50. [ 5] Cusack S., Haertlein M., Leberman R.
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  58.